土地売却で利益が出た場合、気になるのが「土地売却にかかる税金はいくらかかるのか」「具体的な税金の計算方法を知りたい」といったことではないでしょうか。

土地売却後にかかる税金は、売却益にかかる「譲渡所得税」、売買時の契約書に課される「印紙税」、抵当権抹消手続きにかかる「登録免許税」の3つです。

また、利益に対し、いくら税金がかかるのか知るためには

などを理解しておくことが大切です。

税金の計算方法や土地売却に適用できる特別控除を知っておくと、節税対策もできて、損をしない税金の支払いができるようになります。

本記事では、税金を支払うタイミングについても具体的に解説しています。「初めての土地売却で利益が出たけど、何をすればいいかわからない」と不安を感じている方はぜひ参考になさってください。

土地の売却でかかる税金

土地の売却でかかる税金は、「譲渡所得税」「印紙税」「登録免許税」の3つです。

発生する税金を理解し、土地売却の際に備えておきましょう。

譲渡所得税

譲渡所得税とは、土地売却時の利益にかかる税金のことです。利益（譲渡所得）は、「所得税」「住民税」「復興特別所得税」の3種類に分かれます。

また、譲渡所得税は土地の所有期間によってかかる税率が異なります。所有期間が5年以下の場合は「短期譲渡所得」に該当し、かかる税率は39.63%、所有期間が5年以上の場合は「長期譲渡所得」に該当するため、20.315%となります。

なお、譲渡所得税が発生する条件は、土地売却時にかかった費用が、売却価格以下の場合に税金が発生します。譲渡所得がマイナスの場合は、譲渡所得税がかかることはありません。

印紙税

印紙税は、売買時の契約書に貼る印紙代のことです。

土地売却の際には必ず課され、売買価格に応じて金額が設定されています。平成26年4月1日から令和6年3月31日までの期間では軽減税率が適用されます。

印紙税は以下のように定められています。

参考：国税庁「不動産売買契約書の印紙税の軽減措置」

なお、売却金額が10万円以下の場合、軽減措置が適用されないため税額は200円です。売却金額が1万円未満の場合は非課税対象です。

登録免許税

登録免許税とは、抵当権抹消手続きにかかる税金のことです。

抵当権とは、住宅ローンなどを組むとき、金融機関がお金を貸す代わりに、家や土地などの不動産を借金の「担保」として金融機関が確保するための権利です。

相続した土地に抵当権が設定されている場合、抵当権を抹消しないと売却できないため、抹消手続きを行う必要があります。

抹消登記には、土地一筆につき1,000円が課税されます。なお、抵当権の抹消は司法書士に依頼するのが一般的で、登録免許税と司法書士報酬をあわせて支払います。

土地の売却で発生する譲渡所得税の計算方法

譲渡所得税を算出する方法は以下のとおりです。

譲渡所得税は、「譲渡所得」に一定の税率を課して割り出します。また、特別控除を受けると税金負担を減らせます。

本章では、譲渡所得税を求めるための譲渡所得の算出方法や、かかる税率を解説します。

譲渡所得を算出する方法

譲渡所得税を求めるためには、課税所得を計算する必要があります。

課税所得は、土地の売却価格から「譲渡費用（土地の売却にかかる費用）」と「取得費（土地の購入にかかる費用）」を差し引いて算出します。

「譲渡費用」と「取得費」として扱われる費用は以下のとおりです。

土地を売却した際や購入した際の領収書、費用が証明できるものがあれば、計算に組み込むと節税効果を期待できるので、大切に保管しておきましょう。

なお、相続したときの土地購入価格が不明、もしくは購入したときから年数が経過しすぎて価格を証明できないときは、売却金額の5%を購入価格（概算取得費）として計上できます。

譲渡所得の税率は土地の所有期間で異なる

「1-1.譲渡所得税」 でも解説したとおり、譲渡所得の税率は土地の所有期間で異なります。

売った土地の所有期間が5年以下であれば短期譲渡所得の39.63%</b、5年以上であれば長期譲渡所得の20.315%がかかる税率になります。譲渡所得税の内訳は以下のとおりです。

所有期間が5年以上だと税率を約1/2にできるので、正確な所有期間を把握して、時期をうかがってから売却を実施することで節税に繋げましょう。

【計算例】売却価格3,000万の土地の譲渡所得

計算例として、売却価格が3,000万円の土地の譲渡所得を計算してみます。

所得費は不明のため、「概算取得費」として算出します。
所有期間は10年で、長期譲渡所得に該当するため、税率は20.315％とします。

100円未満は切り捨てとなるので、譲渡所得税は「477万4千円」になります。

土地の売却で適用できる5つの特別控除

土地の売却で適用できる5つの特別控除を解説します。特別控除の名称や適用要件は以下のとおりです。

土地売却の際に活用できる控除を理解し、節税に繋げましょう。

マイホーム(居住用財産)を売った場合の3,000万円の特別控除の特例

「マイホーム(居住用財産)を売った場合の3,000万円の特別控除の特例」とは、マイホームの土地を売却する場合に所有期間の長短に関わらず、最大3,000万円までの控除が適用される特例のことです。

すなわち、譲渡所得が3,000万円以下であれば、税金負担がなくなるのです。主な適用要件は以下のとおりです。

出典：国税庁「No.3302　マイホームを売ったときの特例」

相続空き家の売却時に適用できる3,000万円特別控除

「相続空き家の売却時に適用できる3,000万円特別控除」とは、自身は住んでいなく相続で引き継いだ土地でも、条件をクリアすれば譲渡所得から最大3,000万円の控除が適用される特例のことです。

「マイホーム(居住用財産)を売った場合の3,000万円の特別控除の特例」と同じく、譲渡所得が3,000万円以下であれば、税金負担がなくなります。

主な適用要件は以下のとおりです。

出典：国税庁「No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例」

その他の目的で売却する際に適用できる特別控除

残り3つの、その他の目的で売却する際に適用できる特別控除についても解説します。

.平成21年及び平成22年に取得した国内にある土地を譲渡した場合の1,000万円の特別控除の特例

「平成21年及び平成22年に取得した国内にある土地を譲渡した場合の1,000万円の特別控除の特例」とは、平成21年に入手した国内の土地を平成27年以降に譲渡、または平成22年に入手した国内の土地を平成28年以降に譲渡した場合に、発生した利益（譲渡益）から最大1,000万円まで控除を適用できるという特例です。

利益が1,000万円未満の場合は、その利益分の金額が控除額として計算されます。適用要件や注意点は以下のとおりです。

出典：国税庁「No.3225 平成21年及び平成22年に取得した土地等を譲渡したときの1,000万円の特別控除」

農地保有の合理化のために農地等を譲渡した場合の所得の特別控除

「農地保有の合理化のために農地等を譲渡した場合の所得の特別控除」とは、個人または農業生産法人が所有している農地区域内の農地を、農業委員会のあっせんや農用地利用集積計画などで売却した場合、利益から最大800万円の控除を適用できる特例のことです。

さらに、「農業営利基盤強化促進法」の買い入れ協議によって売却した場合は、最大で1,500万円の特別控除の適用を受けられます。農業営利基盤強化促進法とは、安定的かつ効率的に農業経営を継続させるため、農業者に対して「農用地の利用集積」「経営管理の合理化」「その他の農業経営基盤の強化」を促進するために規定された法律です。

主に、農業を効率化させることが目的の特例です。

低未利用地等を売却した場合の100万円特別控除

「低未利用地等を売却した場合の100万円特別控除」とは、令和2年7月1日〜令和4年12月21日までの間に個人によって都市計画区域内ある一定の「低未利用土地」などを500万円以下で売却したとき、利益から最大100万円の控除を適用できる特例のことです。

利益が100万円未満であれば、その譲渡所得の金額が控除額となります。

「低未利用土地」とは、居住や業務用、その他の用途に利用されていない「空き家」や「空き地」「空き店舗」などのことです。住居や事業用として利用している土地でも、使用頻度が低い場合は「低未利用土地」と呼ばれます。

適用要件や注意点は以下のとおりです。

出典：国税庁「No.3226 低未利用土地等を譲渡した場合の長期譲渡所得の特別控除」

土地の売却でかかる税金を支払うタイミング

土地の売却でかかる税金を支払うタイミングは、税金の種類によって異なります。また納付方法も各々違います。

以下の税金を支払うタイミングや、納付方法を確認していきましょう。

譲渡所得税は確定申告で支払う

譲渡所得税は確定申告で支払いましょう。

土地を売って譲渡所得が発生した場合、自身で確定申告をしなければいけません。原則として売却した年の翌年の2月16日〜3月15日が確定申告の期間となります。

期間内に行わないと、無申告加算税や延滞税といったペナルティが課される上に、3,000万円特別控除などの特例を適用できなくなるので注意が必要です。

印紙税は売買契約時に支払う

土地を売却する場合、印紙税は売買契約時に支払います。

支払う印紙税の金額は、売却価格に応じて異なります。令和6年3月31日までの取引であれば、軽減税率を適用できるので、国税庁の「不動産売買契約書の印紙税の軽減措置」を確認して、自身の土地売却価格に応じた印紙税を支払いましょう。

なお、印紙は不動産会社で用意してもらえることが多いので、印紙の代金だけ準備しておきましょう。

登録免許税は引渡しの際に支払う

登録免許税は、土地を引き渡す際に支払います。金額は、土地一筆につき1,000円かかります。一筆あたり1,000円のため、土地が3筆に区分けされている場合は、3,000円ということになります。

登録免許税の納付方法は主に3つあります。

現金納付はもっとも一般的な支払い方法で、登記申請時に窓口で納付するか、申請前に法務局が指定する口座に振り込むかの2つがあります。

収入印紙での納付は、自身の登録免許税分の収入印紙を台紙に貼り付けて納付する方法です。

電子納付とは、オンラインで登記申請を行なった場合、インターネットバンキングやATMから納付する方法です。